Всего за несколько сезонов южане смогли продемонстрировать колоссальный рост. Успехам команды поспособствовал талант тренера Даниэля Петреску. Команда обновила клубный рекорд без поражений, а сам тренер был приглашен в «Челси» для стажировки под руководством Карло Анчелотти.

По итогам сезона 2010 года команда вышла в Премьер-Лигу, где в самом необычном «переходном» турнире РПЛ 11/12 смогла закрепиться в середине турнирной таблицы — 8-е место стало рекордом для клуба.

Отдельным поводом для радости стало расположение «Кубани» в таблице выше своих соседей по городу, заявившихся в Премьер-Лиге впервые в своей истории. Правда, первое краснодарское дерби дерби двух команд «Кубань» проиграла.

Сезон 12/13 вписал команду в историю — не помешали даже пертурбации в руководстве. Начав с триумфальной победы над соседями в четвертом туре, Петреску сняли с должности. Его преемник Юрий Красножан продержался недолго — 9 января его сменил Леонид Кучук. 

​Последний довел команду до пятого места, подарив «Кубани» путевку в Лигу Европы. Однако и он отказался от тренерского контракта — предложение «Локомотива» оказалось слишком привлекательным. Сезон 13/14 начал румынский специалист Доринел Мунтян. Однако к октябрю ему на смену пришел Виктор Ганчаренко.​

При нем клуб выступил в Европе, заняв третье место в своей группе, обойдя швейцарский «Санкт-Галлен», но пропустив вперед «Суонси» и «Валенсию». В том составе выделялись звездный Джибриль Сиссе, талантливый легионер Бальде, испанец Деальберт и герои русского футбола: Беленов, Соснин, Игнатьев.

Последующие сезоны оказались куда более блеклыми. Клуб долго пытался найти себя, пока окончательно не проиграл конкуренцию восходящему «Краснодару».

До своей ликвидации в 2018 году футболку клуба успели примерить Андрей Аршавин, Роман Павлюченков, Андрей Ещенко, чемпион Бундеслиги Фелипе Сантана и чемпион Лиги 1 Шарль Каборе. Они наполнили кубанскую историю, прежде чем звезда зелено-желтых окончательно погасла, пропустив вперед другие региональные клубы.